Основано в 1375 г. Являлось центром одноименного погоста. С 1601 г. здесь находилась мать первого царя из династии Романовых Инокиня Марфа. А рядом с поселением расположен родник «Царицын ключ», история которого связана с её именем. Также Ветрянная мельница из д.Толвуя сегодня находится на о. Кижи. В первой половине 19 в. в Толвуйском приходе проживало значительное количество старообрядцев. (по материалам сайта Республиканского центра по государственной охране объектов культурного наследия и статьи И.Н. Ружинской "Заонежское старообрядчество в первой половине XIX века")